Nombre: HERRAMIENTAS DE GENÓMICA EN INVESTIGACIÓN
Código: 229102005
Carácter: Optativa
ECTS: 4
Unidad Temporal: Cuatrimestral
Despliegue Temporal: Curso 2º - Primer cuatrimestre
Menciones/Especialidades:
Lengua en la que se imparte: Castellano
Carácter: Presencial
Nombre y apellidos: EGEA GUTIÉRREZ-CORTINES, MARCOS
Área de conocimiento: Genética
Departamento: Ingeniería Agronómica
Teléfono: 868071077 - 968325705 - 868071075
Correo electrónico: marcos.egea@upct.es
Horario de atención y ubicación durante las tutorias:
Titulaciones:
Doctor en Biología en la Ben Gurion University of the Negev (ISRAEL) - 1992
Categoría profesional: Catedrático de Universidad
Nº de quinquenios: 6
Nº de sexenios: 4 de investigación y 1 de transferencia
Curriculum Vitae: Perfil Completo
Nombre y apellidos: WEISS , JULIA ROSL
Área de conocimiento: Genética
Departamento: Ingeniería Agronómica
Teléfono: 968325777
Correo electrónico: julia.weiss@upct.es
Horario de atención y ubicación durante las tutorias:
miércoles - 13:00 / 17:00
EDIFICIO DE ETSI AGRONÓMICA, planta 2, Despacho 2.15
Se ruega contactar previamente por correo electrónico indicando emotivo de la tutoría.
Titulaciones:
Categoría profesional: Catedrática de Universidad
Nº de quinquenios: 4
Nº de sexenios: 4 de investigación y 1 de transferencia
Curriculum Vitae: Perfil Completo
Se trata de una asignatura optativa de la titulación pero que tiene carácter obligatorio si se elige cursar el módulo optativo de formación investigadora. Las competencias de dicho Módulo a adquirir son:
Técnicas de Biología Celular y Molecular: Conocimientos a nivel de usuario principiante de técnicas de secuenciación, análisis de polimorfismos de ADN por punto de fusión, microscopía electrónica de barrido, cromatografía de gases-espectrometría de masas, HPLC y electroforésis de proteínas
Herramientas de genómica en investigación: Conocimientos básicos de estructura de genomas y métodos de análisis. Conocimientos a nivel de usuario principiante de programas bioinformáticos para búsqueda de secuencias en bases de datos. Programas Clustal X, BLAST y NJPLOT
Diseño de experimentos en investigación agraria y alimentaria: Plantear de forma autónoma experimentos (problemas e hipótesis). Analizar resultados para aceptar o rechazar hipótesis de partida e inferir conclusiones.
Técnicas de Biología Celular y Molecular
1.- Conocer los conceptos básicos sobre la secuenciación de ADN en el ámbito de secuenciación Sanger y Next-Generation Sequencing.
2.- Entender los conceptos básicos de la microscopía electrónica de barrido.
3.- Entender los principios básicos de la separación de metabolitos por HPLC.
4.- Conocer el funcionamiento y utilidad de la citometría de flujo en el ámbito agroalimentario.
5.- Aprender los principios básicos de la proteómica y separación de proteínas.
6.- GC-MS y sus aplicaciones en la industria agroalimentaria.
Herramientas de genómica en investigación
1.- Conocimiento de la estructura de los genomas
2.- Entender las técnicas de estudio de genómica estructural
3.- Conocimiento del funcionamiento del genoma
4.- Conocer las técnicas de análisis de transcriptomas
5.- Aprender las metodologías utilizadas para la obtención de ganancia y pérdida de función de genes.
6.- Tener conocimientos básicos de uso de programas BLAST, CLUSTALX y NJPLOT
Diseño de experimentos en investigación agraria y alimentaria
1.- Enseñar cómo platear hipótesis y diseñar un experimento científico.
2.- Familiarizar al alumno con los diferentes tipos de diseños, especialmente aquellos más comunes en agricultura y alimentación.
3.- Describir los modelos matemáticos para analizar los resultados de cada diseño, y finalmente aceptar o rechazar la hipótesis de partida.
4.- Dar una visión global de las limitaciones y capacidades de inferir conclusiones de los resultados de uno varios experimentos.
Técnicas de Biología Celular y Molecular 1. Secuenciación de ADN (Sanger y Next-Generation Sequencing). 2. Microscopía electrónica de barrido. 3. Separación de metabolitos por HPLC. 4. Citometría de flujo en el ámbito agroalimentario. 5. Proteómica y separación de proteínas. 6. GC-MS y sus aplicaciones en la industria agroalimentaria. Herramientas de genómica en investigación 1. Estructura de los genomas 2. Técnicas de estudio de genómica estructural 3. Funcionamiento del genoma 4. Técnicas de análisis de transcriptomas 5. Metodologías para la obtención de ganancia y pérdida de función de genes. 6. Uso de programas BLAST, CLUSTALX y NJPLOT Diseño de experimentos en investigación agraria y alimentaria 1. introducción 2. estadística descriptiva 3. probabilidad y distribuciones 4. test de hipótesis 5. introducción al análisis de varianza 6. análisis de varianza con un factor 7. análisis de varianza con factores múltiples 8. supuestos del análisis de varianza 9. separación de medias en grupos homogéneos 10. Regresión lineal 11. Correlación 12. Regresión múltiple 13. Análisis de proporciones 14. Estadística no paramétrica
1. Estructura general de los genomas
2. Estructura del ADN y cromosomas
3. Estructura del gen
4. Tecnologías de secuenciación de segunda y tercera generación
5. Genomas vegetales
6. Genomas animales
7. Transcripción génica. Genómica funcional.
8. Epigenética
9. Técnicas de ingeniería genética y edición genómica
Análisis de secuencias en bases de datos. NCBI y BLAST
Identificación de parálogos y ortólogos. CLUSTALW
Sistemas de desarrollo de fragmentos para silenciamiento. Desarrollo de VIGS y de guías CRISPR
La Universidad Politécnica de Cartagena considera como uno de sus principios básicos y objetivos fundamentales la promoción de la mejora continua de las condiciones de trabajo y estudio de toda la Comunidad Universitaria. Este compromiso con la prevención y las responsabilidades que se derivan atañe a todos los niveles que integran la Universidad: órganos de gobierno, equipo de dirección, personal docente e investigador, personal de administración y servicios y estudiantes. El Servicio de Prevención de Riesgos Laborales de la UPCT ha elaborado un "Manual de acogida al estudiante en materia de prevención de riesgos" que puedes encontrar en el Aula Virtual, y en el que encontraras instrucciones y recomendaciones acerca de cómo actuar de forma correcta, desde el punto de vista de la prevención (seguridad, ergonomía, etc.), cuando desarrolles cualquier tipo de actividad en la Universidad. También encontrarás recomendaciones sobre cómo proceder en caso de emergencia o que se produzca algún incidente. En especial, cuando realices prácticas docentes en laboratorios, talleres o trabajo de campo, debes seguir todas las instrucciones del profesorado, que es la persona responsable de tu seguridad y salud durante su realización. Consúltale todas las dudas que te surjan y no pongas en riesgo tu seguridad ni la de tus compañeros.
Sección I. Genome anatomy Sección II. Studying the genome Sección III. Functioning of the genome Sección IV Replication and evolution of genomes
Clase de teoría: Actividades consistentes en sesiones formativas para desarrollar conocimientos teóricos basadas en trabajo sobre conceptos y teorías
Desarrollo de material teórico, seminarios basados en literatura reciente
29
100
Clase de problemas: Actividades consistentes en sesiones formativas para desarrollar conocimiento práctico o aplicado basadas en la resolución de ejercicios, problemas o casos prácticos
práctica de laboratorio
2
100
Clase de prácticas en laboratorio o de campo: Actividades orientadas al desarrollo de destrezas prácticas o aplicadas por parte del estudiante supervisadas por el profesor a distancia
Presentación oral y asistencia a presentaciones de compañeros
6
100
Clase de prácticas en aula de informática: Actividades para la adquisición de determinadas destrezas mediante el manejo de software específico
Bioinformática a nivel de usuario
1
100
Seminarios, tutorías convocadas por el profesorado, conferencias, visitas técnicas, mesas redondas, etc.: Actividades para desarrollar conocimiento teórico, práctico o aplicado basado en el trabajo sobre temáticas específicas o abordadas desde el punto de vista de la profesión
Presentaciones orales
2
100
Actividades de evaluación (sistema de evaluación final)
Examen tipo test de preguntas de Genómica
0
100
Tutorías: Tanto las de carácter individual como las realizadas en grupo servirán para asesorar, resolver dudas, orientar, realizar el seguimiento de trabajos o de los conocimientos adquiridos, entre otros
Atención a tutorías, resolución de dudas
10
50
Realización de trabajos individuales o en grupo: Aprendizaje autónomo y/o colaborativo del estudiante para desarrollar conocimiento teórico, práctico o aplicado mediante realización de proyectos, informes de prácticas y/o trabajos
Preparación de presentación oral
Seminarios de investigación
Estudio de material de asignatura
70
0
Prueba oficial individual
Examen tipo test de los contenidos de la asignatura
65 %
Exposición y defensa de trabajos individuales y de grupo
Presentación oral del trabajo propuesto por el profesor
35 %
Prueba oficial individual
Examen tipo test de los contenidos de la asignatura
65 %
Exposición y defensa de trabajos individuales y de grupo
Presentación oral del trabajo propuesto por el profesor
35 %
Presentación oral 70%
Examen tipo test de contenidos 30%
Veinte preguntas tipo test con resta de corrección
Autor: Rashidi, Hooman
Título: Bioinformatics basics applications in biological science and medicine
Editorial: CRC Press
Fecha Publicación: 2000
ISBN: 0849323754
Autor: , Ouellette, B.F. Francis
Título: Bioinformatics a practical guide to the analysis of genes and proteins
Editorial: Joh Wiley & Sons
Fecha Publicación: 2015
ISBN: 9780585240879
Autor:
Título: Nature
Editorial: Macmillan Journals ltd., etc.
Fecha Publicación: 1869
ISBN:
Autor: Knudsen, Steen
Título: Biologist's guide to analysis of DNA microarray data
Editorial: John Wiley & Sons
Fecha Publicación: 2002
ISBN: 0471224901
Autor: Brown, T.A.
Título: Genomes
Editorial: Wiley-Liss
Fecha Publicación: 1999
ISBN: 0471316180
Autor: Kahl, Günter
Título: The dictionary of gene technology genomics, transcriptomics, proteomics
Editorial: Wiley-VCH
Fecha Publicación: 2001
ISBN: 3527301003
Autor: Graur, Dan
Título: Fundamentals of molecular evolution
Editorial: Sinauer Associates
Fecha Publicación: 2000
ISBN: 0878932666
Autor: Page, Roderic D.M.
Título: Molecular evolution a phylogenetic aprroach
Editorial: Blackwell
Fecha Publicación: 2000
ISBN: 0865428891
Autor: Caravaca Rodríguez, Francisco P.,,
Título: Sistemas ganaderos en el siglo XXI
Editorial: Universidad, Secretariado de publicaciones,
Fecha Publicación: 2007
ISBN: 9788447209293
Autor: Hartwell, Leland H.
Título: Genetics from genes to genomes
Editorial: McGraw-Hill
Fecha Publicación: 2011
ISBN: 9780077131555
Autor: Schena, Mark
Título: Microarray biochip technology
Editorial: Eaton
Fecha Publicación: 2000
ISBN: 1881299376
Autor: Daza Andrada, Argimiro
Título: Ganado caprino: producción, alimentación y sanidad
Editorial: Agrícola Española
Fecha Publicación: 2004
ISBN: 8485441710
Autor:
Título: Science
Editorial: Moses King,
Fecha Publicación: 1883
ISBN: