Name: GENOMIC TOOLS IN RESEARCH
Code: 229102005
Type: Elective
ECTS: 4
Length of subject: Per term
Semester and course: 2nd Year - First term
Speciality:
Language: English
Mode of study: On-site class
Lecturer data: EGEA GUTIÉRREZ-CORTINES, MARCOS
Knowledge area: Genética
Department: Ingeniería Agronómica
Telephone: 868071077 - 968325705 - 868071075
Email: marcos.egea@upct.es
Office hours and location:
Qualifications/Degrees:
PhD in Life Sciences from Ben-Gurion University of the Negev (ISRAEL) - 1992
Academic rank in UPCT: Catedrático de Universidad
Number of five-year periods: 6
Number of six-year periods: 4 de investigación y 1 de transferencia
Curriculum Vitae: Full Profile
Lecturer data: WEISS , JULIA ROSL
Knowledge area: Genética
Department: Ingeniería Agronómica
Telephone: 968325777
Email: julia.weiss@upct.es
Office hours and location:
miércoles - 13:00 / 17:00
EDIFICIO DE ETSI AGRONÓMICA, planta 2, Despacho 2.15
Se ruega contactar previamente por correo electrónico indicando emotivo de la tutoría.
Qualifications/Degrees:
Academic rank in UPCT: Catedrática de Universidad
Number of five-year periods: 4
Number of six-year periods: 4 de investigación y 1 de transferencia
Curriculum Vitae: Full Profile
Se trata de una asignatura optativa de la titulación pero que tiene carácter obligatorio si se elige cursar el módulo optativo de formación investigadora. Las competencias de dicho Módulo a adquirir son:
Técnicas de Biología Celular y Molecular: Conocimientos a nivel de usuario principiante de técnicas de secuenciación, análisis de polimorfismos de ADN por punto de fusión, microscopía electrónica de barrido, cromatografía de gases-espectrometría de masas, HPLC y electroforésis de proteínas
Herramientas de genómica en investigación: Conocimientos básicos de estructura de genomas y métodos de análisis. Conocimientos a nivel de usuario principiante de programas bioinformáticos para búsqueda de secuencias en bases de datos. Programas Clustal X, BLAST y NJPLOT
Diseño de experimentos en investigación agraria y alimentaria: Plantear de forma autónoma experimentos (problemas e hipótesis). Analizar resultados para aceptar o rechazar hipótesis de partida e inferir conclusiones.
Técnicas de Biología Celular y Molecular
1.- Conocer los conceptos básicos sobre la secuenciación de ADN en el ámbito de secuenciación Sanger y Next-Generation Sequencing.
2.- Entender los conceptos básicos de la microscopía electrónica de barrido.
3.- Entender los principios básicos de la separación de metabolitos por HPLC.
4.- Conocer el funcionamiento y utilidad de la citometría de flujo en el ámbito agroalimentario.
5.- Aprender los principios básicos de la proteómica y separación de proteínas.
6.- GC-MS y sus aplicaciones en la industria agroalimentaria.
Herramientas de genómica en investigación
1.- Conocimiento de la estructura de los genomas
2.- Entender las técnicas de estudio de genómica estructural
3.- Conocimiento del funcionamiento del genoma
4.- Conocer las técnicas de análisis de transcriptomas
5.- Aprender las metodologías utilizadas para la obtención de ganancia y pérdida de función de genes.
6.- Tener conocimientos básicos de uso de programas BLAST, CLUSTALX y NJPLOT
Diseño de experimentos en investigación agraria y alimentaria
1.- Enseñar cómo platear hipótesis y diseñar un experimento científico.
2.- Familiarizar al alumno con los diferentes tipos de diseños, especialmente aquellos más comunes en agricultura y alimentación.
3.- Describir los modelos matemáticos para analizar los resultados de cada diseño, y finalmente aceptar o rechazar la hipótesis de partida.
4.- Dar una visión global de las limitaciones y capacidades de inferir conclusiones de los resultados de uno varios experimentos.
Técnicas de Biología Celular y Molecular 1. Secuenciación de ADN (Sanger y Next-Generation Sequencing). 2. Microscopía electrónica de barrido. 3. Separación de metabolitos por HPLC. 4. Citometría de flujo en el ámbito agroalimentario. 5. Proteómica y separación de proteínas. 6. GC-MS y sus aplicaciones en la industria agroalimentaria. Herramientas de genómica en investigación 1. Estructura de los genomas 2. Técnicas de estudio de genómica estructural 3. Funcionamiento del genoma 4. Técnicas de análisis de transcriptomas 5. Metodologías para la obtención de ganancia y pérdida de función de genes. 6. Uso de programas BLAST, CLUSTALX y NJPLOT Diseño de experimentos en investigación agraria y alimentaria 1. introducción 2. estadística descriptiva 3. probabilidad y distribuciones 4. test de hipótesis 5. introducción al análisis de varianza 6. análisis de varianza con un factor 7. análisis de varianza con factores múltiples 8. supuestos del análisis de varianza 9. separación de medias en grupos homogéneos 10. Regresión lineal 11. Correlación 12. Regresión múltiple 13. Análisis de proporciones 14. Estadística no paramétrica
1. Genome structure 2. DNA and chromosome structure 3. DNA structure 4. Second and third generation sequencing technology 5. Plant and animal genomes 6. Transcription and functional genomics 7. Epigenetics 8. Transcriptomic analysis 9. Genome egimeering technologies
Databases. NCBI, SOLGENOMICS, JGI
Phylogenies
Making constructs of RNAI and CRISPR/Cas
Promoting the continuous improvement of working and study conditions of the entire university community is one the basic principles and goals of the Universidad Politécnica de Cartagena. Such commitment to prevention and the responsibilities arising from it concern all realms of the university: governing bodies, management team, teaching and research staff, administrative and service staff and students. The UPCT Service of Occupational Hazards (Servicio de Prevención de Riesgos Laborales de la UPCT) has published a "Risk Prevention Manual for new students" (Manual de acogida al estudiante en materia de prevención de riesgos), which may be downloaded from the e-learning platform ("Aula Virtual"), with instructions and recommendations on how to act properly, from the point of view of prevention (safety, ergonomics, etc.), when developing any type of activity at the University. You will also find recommendations on how to proceed in an emergency or if an incident occurs. Particularly when carrying out training practices in laboratories, workshops or field work, you must follow all your teacher's instructions, because he/she is the person responsible for your safety and health during practice performance. Feel free to ask any questions you may have and do not put your safety or that of your classmates at risk.
Theory class: Activities consisting of training sessions to develop theoretical knowledge based on concepts and theories
Lectures in gemonics, transcriptomics and proteomics. Paper research. Bibliographic handling.
30
100
Problem solving class: Activities consisting of training sessions to develop practical or applied knowledge based on problem solving exercises, or practical cases
Development of a genomics project
2
100
Laboratory or field practice class: Activities aimed at developing practical or applied skills by the student supervised by a remote teacher
Development of a genomics project
Oral presentation and attendance to other presentations
2
100
Practical class in the computer room: Activities for the acquisition of certain skills through the use of specific software
Bioinformatics at user level. USe of standard software for DNA and RNA research
6
100
Seminars, tutorials led by teaching staff, conferences, visits, round tables, etc .: Activities to develop theoretical, practical or applied knowledge based on specific topics or views of the profession
Completing the tutorials and other aspects related
0
100
Assessment activities (final assessment system)
Multiple choice test
2
100
Tutorials: Individual or in groups, will serve to advise, resolve any doubts, guide, monitor work or the knowledge acquired
Tutorials. Problem and question solving. Online or in the lab/office
6
50
Carrying out individual or group assignments: Autonomous and / or collaborative learning to develop theoretical, practical or applied knowledge by carrying out projects, practice reports and / or assignments
preparing oral presentation
Learning subject, reading papers, acquiring Genomics vocabulary
72
0
Individual official test
Multiple choice test. Wrong answers are discounted
60 %
Presentation and defence of individual or group assignments
Oral presentation of scientific report
20 %
Other evaluation activities
Short reports of Bioinformatic practicum
20 %
Individual official test
Multiple choice test. Wrong answers are discounted
60 %
Presentation and defence of individual or group assignments
Oral presentation of scientific report
20 %
Other evaluation activities
Short reports of Bioinformatic practicum
20 %
Author: Rashidi, Hooman
Title: Bioinformatics basics applications in biological science and medicine
Editorial: CRC Press
Publication Date: 2000
ISBN: 0849323754
Author: Bergeron, Bryan
Title: Bioinformatics computing
Editorial: Prentice Hall
Publication Date: 2003
ISBN: 0131008250
Author: , Ouellette, B.F. Francis
Title: Bioinformatics a practical guide to the analysis of genes and proteins
Editorial: Joh Wiley & Sons
Publication Date: 2015
ISBN: 9780585240879
Author:
Title: Nature
Editorial: Macmillan Journals ltd., etc.
Publication Date: 1869
ISBN:
Author: Knudsen, Steen
Title: Biologist's guide to analysis of DNA microarray data
Editorial: John Wiley & Sons
Publication Date: 2002
ISBN: 0471224901
Author: Brown, T.A.
Title: Genomes
Editorial: Wiley-Liss
Publication Date: 1999
ISBN: 0471316180
Author: Kahl, Günter
Title: The dictionary of gene technology genomics, transcriptomics, proteomics
Editorial: Wiley-VCH
Publication Date: 2001
ISBN: 3527301003
Author: Graur, Dan
Title: Fundamentals of molecular evolution
Editorial: Sinauer Associates
Publication Date: 2000
ISBN: 0878932666
Author: Page, Roderic D.M.
Title: Molecular evolution a phylogenetic aprroach
Editorial: Blackwell
Publication Date: 2000
ISBN: 0865428891
Author: Schena, Mark
Title: Microarray biochip technology
Editorial: Eaton
Publication Date: 2000
ISBN: 1881299376